Unikátní železniční trať z Tábora do Bechyně je torzem kdysi velkoryse koncipované dráhy, která měla podle plánů z počátku osmdesátých let 19. století vést z Vodňan (dnešních Číčenic) přes Týn nad Vltavou,
Tábor, Mladou Vožici, Kutnou Horu a Chlumec nad Cidlinou až do Sadové. Jenže ten v roce 1889 vídeňské ministerstvo železnic zamítlo. Poté vzniklo družstvo, které neúspěšně prosazovalo stavbu alespoň části
z Vodňan do Tábora. Přízně zemských úřadů však dosáhlo až nové Družstvo bechyňské dráhy, v jehož čele stál bechyňský starosta Hynek Daniel. Z původně zamýšlené trasy se po předešlých komplikacích zrodil
projekt výrazně kratší lokální dráhy Tábor – Bechyně s parním provozem. V tu chvíli vstupuje na scénu František Křižík…
František Křižík, člověk, který se rád vydával po neprobádaných cestách, když se rozhodl nahradit na železnici páru elektřinou. V roce 1898 jednal s bechyňským družstvem založeným pro výstavbu trati
Bechyně – Tábor o vypracování projektu s elektrickým pohonem. Projekt získal pozornost zejména díky úspoře nákladů. Nové řešení totiž umožnilo zvětšit sklon z původně navržených 25 %o až na 38 %o
(protože elektrický vlak vzhledem k nižší hmotnosti může překonávat větší stoupání), použit menší poloměry oblouků (125 m oproti původním 180 m), lehčí kolejnice a lehčí mostní konstrukce a konečně
zkrátit délku staničních kolejí.
Zanedlouho vyslovilo souhlas s návrhem stavby elektrické dráhy c. k. ministerstvo železnic. A to navzdory skutečnosti, že pro ostatní lokální tratě byl stále upřednostňován provoz v klasické podobě,
tedy výhradně s parními lokomotivami. Přelomové ministerské rozhodnutí nese datum 29. prosince 1900, 4. září 1901 bylo vydáno stavební povolení a koncese pro stavbu elektrické dráhy byla družstvu
udělena 19. dubna 1902. V tomto povolení byl uveden termín ukončení stavby do konce roku 1904.
Dodáním pevných trakčních zařízení, elektrické výzbroje vozidel a strojního vybavení nové elektrárny v Táboře byla pochopitelně pověřena firma „František Křižík, Karlín". Trať dlouhou 23,6 km s pěti
stanicemi a šesti zastávkami elektrizoval třívodičovým stejnosměrným systémem 2 x 700 V, přičemž středním vodičem byla kolejnice, zatímco nad kolejemi vedly souběžně dva trolejové vodiče s opačnými
póly napájení, vzdálené od sebe 1,2 metru. Trakční vedení ve výši 5,5 m nad temenem kolejnice bylo zavěšeno na dřevěné brány, jejichž podélná vzdálenost byla 16 až 20 metrů. Elektrickou energii
vyráběla elektrárna v Táboře pomocí 3 dynam poháněných parními stroji. Zálohově byla dodávka jištěna sadou akumulátorů. Bližší polovina tratě byla napájena přímo, k začátku druhého úseku u Malšic
bylo z elektrárny vedeno samostatné dvoupólové vedení, to však bylo roku 1914 sejmuto z důvodu válečného nedostatku materiálu. Elektrárna v noci, kdy vlaky nejezdily, napájela veřejné osvětlení
v Táboře. První zkušební jízda proběhla 1. června 1903, 10. června 1903 proběhla zátěžová zkouška železničního mostu v Táboře, pravidelný provoz byl slavnostně, zahájen 21. června 1903.
Trať v Bechyni však původně končila na malém nádraží před Bechyní, na levém břehu Lužnice. Vstup železnice do samotného města umožnil až nový most, budovaný od května 1926 a veřejnému provozu
slavnostně předaný 28. října 1928. Toto jedinečné mostní dílo, vyprojektované ing. Eduardem Viktorou, ve výšce 58,3 m převádí parabolickým obloukem o rozpětí 90 m a vzepětí 38 m nad hladinou řeky
současně koleje i silnici. Po obou stranách hlavního oblouku jsou čtyři otvory s rámovými konstrukcemi rozpětí po 13,5 m, takže celková délka mostu je 225 m. Mostní elegán si brzy vysloužil pojmenování
Bechyňská duha. Zpočátku vlaky při jízdě do Bechyně i nadále obsluhovaly staré nádraží, přes které se jezdilo úvraťově, ale od 15. května 1929 byl zprovozněn oblouk pro nový směr a část tratě ke starému
nádraží od Tábora byla snesena a část změněna na vlečku, napojenou na vlastní trať pouze směrem k Bechyni. Staré nádraží bylo změněno v nákladiště dřeva.
V roce 1938 bylo při rekonstrukci napájení změněno na dvojvodičové o napětí 1500 V a trolej byla zavěšena na ocelové sloupy.
V roce 1953 byla u Sudoměřic vybudována vlečka Dolina k vojenskému letišti u Bechyně. Vlečka odbočuje z trati Tábor – Bechyně v kilometru 17,530 v dopravně „odbočka Dolina“. Vlečková kolej vchází
do tříkolejného předávacího nádraží, ve kterém jsou dvě koleje zatrolejovány a za kterým elektrifikace vlečky končí. V časech leteckého provozu sem byly dováženy cisterny s leteckým palivem a příležitostně
i s různou vojenskou technikou, po zrušení letecké základny byl železniční provoz výrazně utlumen.
Provoz zpočátku zajišťovala dvojice elektrických motorových vozů od Smíchovské firmy Ringhoffer, k nimž v roce 1905 přibyl třetí a v roce 1908 ještě čtvrtý. Tato vozidla dostala později označení EM 400.0.
Poslední dodaný vůz v roce 1939 vyhořel a sloužil jako zdroj náhradních dílů pro ostatní vozidla. Zbylé vozy zajišťovaly na trati smíšenou přepravu prakticky až do roku 1959, kdy sem byla z tratě Rybník – Lipno,
přezdívané Lipenka, předána jedna lokomotiva řady E 422.0 (100), ze čtyř vyrobených. Zbylé tři zůstaly v provozu na trati Rybník – Lipno. Po roce 1962 byly na trať předány také elektrické lokomotivy
z meziválečné éry, E 436.0 a E 466.1, pocházející z pražského uzlu, který byl v té době rekonstruován na napětí 3000 V.
V roce 1962 bylo rozhodnuto, že vozy EM400.001 a EM 400.002 budou sešrotovány a vůz číslo 003 bude ponechán jako provozní záloha. Protože vůz číslo 001 byl celkově v lepším stavu než 003, podařilo
se skupině fanoušků zaměnit tabulky s inventárními čísly. Díky tomu byl, přesně podle plánu, v roce 1964 sešrotován vůz číslo 001. Ve skutečnosti se však jednalo o vůz číslo 003... Mezitím byla na voze 001
vykonána generální oprava a takto sloužil vůz 001 až do svého zařazení mezi provozní exponáty Národního technického muzea v roce 1973. Vůz nese pojmenování „Elinka“.
Od roku 1973 zajišťují provoz na trati tři lokomotivy řady E 426.0 (dnes 113.001-003).
Lokomotiva 100.001 již nebyla zhruba od roku 1988 vypravována, v roce 1991 dostala po opravě původní podobu laku a sloužila jako záložní stroj, či jako hnací vozidlo historických vlaků. Po změně napájecí
soustavy na Lipence v roce 2003 pak byly na Bechyňku předány i zbývající lokomotivy 100.002 a 100.003. Brzy po předání byla lokomotiva 100.003 navržena na zrušení, avšak v květnu 2004 byla ze seznamu
rušených vozidel vyjmuta a následně převezena do Železničního muzea ČD v Lužné u Rakovníka jako budoucí muzejní exponát. Po mnohaletém chátrání bylo rozhodnuto o její opravě do provozního muzejního
vozidla a koncem roku 2015 zamířila do opraven, kde prošla rozsáhlou rekonstrukcí. V květnu 2016 se tak vrátila na Bechyňku pro sezónní jízdy. Poslední dochovaný stroj 100.002 byl převeden do majetku
Národního technického muzea a nachází se jako neprovozní v depozitáři v Chomutově.
Trošku smutnou epizodu provozu si Bechyňka zažívá od 12. prosince 2010. Osobní dopravu zde, pod trolejovým vedením, zajišťuje velmi často motorová jednotka Regionova, některé večerní a ranní vlaky
vedla dieselová lokomotiva. Jako důvod nasazení motorových jednotek je uváděna úspora času na přepojování lokomotivy v konečných stanicích a zkrácení přestupových časů v Táboře.